La economía del sistema UV está determinada por los siguientes factores: el costo y la vida útil del equipo; eficiencia eléctrica; grado de reducción del efecto de esterilización durante el funcionamiento; costes de electricidad, etc. El análisis económico del sistema de desinfección ultravioleta aún no ha llegado a una conclusión. Hay muchos informes de análisis con conclusiones diferentes. Hay opiniones de que el dispositivo de desinfección ultravioleta consume mucha electricidad, y el mantenimiento y el costo del equipo son altos. Para los sistemas grandes, la inversión en equipos es mayor que la del sistema de ozono, y el costo operativo es similar al del ozono; pero para el pequeño sistema de producción de agua pura, la inversión es menor que la del dispositivo de ozono. También hay opiniones de que para las escalas de tratamiento de miles de toneladas/día o más, los costos de inversión y operación del sistema de desinfección UV son muy ventajosos, que son mucho menores que el costo de cloración y desinfección del ozono. Por ejemplo, hay informes analíticos de datos de que al construir una pequeña planta de tratamiento de agua potable con una población que oscila entre 10 y 25.000 habitantes, la proporción aproximada de costos de desinfección ultravioleta, dióxido de cloro y ozono es de 1:2.5:2.5.
Estas estimaciones de costos no incluyen el costo adicional de eliminar los by-products de desinfección y los quistes cryptosporidium cuando se utilizan procesos de desinfección no UV. Además, los datos de análisis muestran que los costos de inversión y operación de la desinfección ultravioleta son menores que los de la desinfección de cloro, y el costo de desinfección es aproximadamente la mitad del del cloro, pero la diferencia se reduce con la expansión de la escala de tratamiento de agua.
En Francia y la antigua Unión Soviética, la desinfección ultravioleta se limitaba a equipos pequeños. El gran equipo establecido era instalar lámparas ultravioletas en serie en la red de agua filtrada. En los Estados Unidos, la desinfección ultravioleta también se limita a equipos pequeños y piscinas, y a menudo se combina con otros desinfectantes. Sin embargo, se ha informado en aplicaciones prácticas que la escala de las plantas de agua potable utilizando desinfección ultravioleta ha superado los 1,5 millones de toneladas por día.